重庆中医药学院纳入重庆市“十三五”高校设置规划，将以重庆医科大学中医药学院为基础组建。经市教委与重庆医科大学会商与实地考察，依托重庆医科大学组建并挂牌成立的重庆中医药学院，拟定在璧山区实施建设。 [1] 

2019年6月26日，重庆医科大学举行“重庆中医药学院”成立大会暨揭牌仪式。 [2] 

2010年12月，市政府召开了全市中医药发展大会，出台了《重庆市人民政府关于加快中医药事业发展的意见》（渝府发〔2010〕124号），明确提出整合资源，“加快推进建立独立设置的重庆中医药学院”、“到2015年，建立与’健康重庆’相适应的功能完善、特色明显、方便有效的中医药服务体系，初步建成居西部地区前列的中医药临床、教育和科研中心，建立有利于发挥中医药特色优势、促进中医药服务的政策体系和运行机制，使我市中医药事业发展总体水平达到西部地区前列和全国中等水平”。 为此，建议加快推进组建独立的重庆中医药大学，打造重庆市的中医药教育中心，解决制约重庆市中医药事业发展的关键问题，促进重庆市中医药事业发展。 [5] 

2020年6月18日，重庆中医药学院在璧山正式动工建设。 [3]  7月27日，重庆市人民政府网发布《重庆市人民政府办公厅关于成立重庆中医药学院建设工作领导小组的通知》。通知称，为加快推动重庆中医药学院建设，经市人民政府同意，成立重庆中医药学院建设工作领导小组。 [4]